A Biológia Intézet nyolc TTK-hoz tartozó Tanszék (Biokémiai és Molekuláris Biológiai, Biotechnológiai, Embertani, Élettani, Anatómiai és Idegtudományi, Genetikai, Mikrobiológiai, Növénybiológiai, Ökológiai) egy ÁOK és TTK közös tanszék (Sejtbiológiai és Molekuláris Medicina), egy Tanszéki Csoport (Biológia Szakmódszertan), valamint egy Akadémiai Kutatócsoport (MTA-SZTE Kromatinszerkezet és Génműködés Kutatócsoport) oktatási és kutatási tevékenységét fogja össze. A Biológia Intézet Tanszékei felelősek a Biológia BSc, MSc, valamint PhD képzésekért. Emellett Tanszékeink jelentős részt vállalnak a Környezettudományi BSc, MSc, illetve a 2007. őszén beinduló Biomérnök képzésben is.
A Biológia Intézet a Kari Tanács által meghatározott költségvetési kerettel gazdálkodik. A gazdálkodásért felelős személy a Biológia Intézet vezetőjének pénzügyekkel megbízott helyettese.
A Biológia Intézet legfőbb döntéshozó, javaslattételi, véleményezési és ellenőrzési jogkörrel felruházott testülete a Biológia Intézet Tanácsa. A Biológia Intézet Tanácsa összetételében és tevékenységében a Kari Ügyrend 7.§, 40-44 pontjában megfogalmazottak szerint áll fel és működik. Tagjai: a Biológia Intézet vezetője, mint a Biológia Intézet Tanácsának elnöke, a Biológia Intézet vezetőjének helyettesei, a tanszékvezetők és professzorok, minden Tanszékről egy választott oktató, vagy kutató, valamint a HÖK által delegált képviselő. A Biológia Intézet Tanácsát a Tanács elnöke hívja össze, szemeszterenként legalább egyszer, de szükség esetén többször is. A Tanácsülést úgy kell szervezni, hogy a Tanácsülésre szóló meghívót, amely tartalmazza a megtárgyalásra kerülő napirendi pontokat a Tanács tagjai az ülés előtt legalább egy héttel megkapják.
A Biológia Intézet operatív testülete a Tanszékvezetők Tanácsa, melynek tagjai a Biológia Intézet vezetője, annak helyettesei, valamint a tanszékvezetők. A Tanszékvezetők Tanácsa havi rendszerességgel ülésezik, de szükség szerint a Biológia Intézet vezetője akár ad hoc is összehívhatja azt. A Tanszékvezetők Tanácsa elé kerülő ügyek előkészítése a Biológia Intézet vezetőjének a feladata, s ebben szükség szerint igénybe veheti a Biológia Intézet Elnökségének segítségét. A Biológia Intézet Elnöksége a Biológia Intézet vezetőjének helyetteseiből áll össze.
A Biológia Intézet vezetőjének megválasztásáról, illetve annak feladatairól a Kari Ügyrend 7. § 45-51 pontja részleteiben rendelkezik.